Dwa najważniejsze groby w historii Portugalii znajdują się w kruchcie kościoła po obu stronach zachodniego wejścia. Po lewej stronie spoczywa Vasco da Gama, żeglarz, którego wyprawa do Indii w latach 1497–1499 otworzyła Europie morską drogę do Azji i uczyniła Portugalię, na krótko, najbogatszą koroną w Europie. Zmarł w Cochin w 1524 roku; jego szczątki zostały sprowadzone do Portugalii etapami i ostatecznie złożone w Jerónimos w 1898 roku, z okazji 400. rocznicy wyprawy. Po prawej stronie, w identycznym grobowcu zainstalowanym w tym samym czasie, spoczywa Luís Vaz de Camões – poeta Os Lusíadas (1572), narodowego eposu, który przekształcił podróż Vasco da Gamy w homerycką narrację. Sam Camões nigdy nie popłynął do Indii w żadnej udokumentowanej roli, choć spędził lata w Makau i Afryce Wschodniej oraz stracił oko walcząc w Maroku.
Poza grobami w kruchcie, kościół mieści królewskie grobowce dynastii Avis-Beja w prezbiterium i transeptach: Manuela I (fundatora), jego żony Marii Aragońskiej, Sebastiana I i króla-kardynała Henryka. Grób Manuela I znajduje się w granitowej niszy po prawej stronie ołtarza głównego. Linia Avis-Beja zakończyła się śmiercią króla-kardynała Henryka w 1580 roku, po czym Portugalia weszła w 60-letnią unię personalną z habsburską Hiszpanią – okres, w którym Jerónimos nadal funkcjonował jako czynny klasztor.
Fernando Pessoa — najczęściej tłumaczony na języki obce portugalski poeta XX wieku — został ponownie pochowany w dolnym krużganku Mosteiro dos Jerónimos w 1985 roku, pięćdziesiąt lat po śmierci, w uznaniu jego pozycji jako modernistycznego giganta literatury kraju. Jego grób, zaprojektowany przez rzeźbiarza Lagoę Henriquesa, znajduje się w północnym skrzydle dolnego krużganku i jest jednym z najczęściej odwiedzanych miejsc w kompleksie. Grobowce królewskie Manuela I i dynastii Avis-Beja w prezbiterium kościoła są widoczne z nawy głównej, ale nie można do nich podejść blisko; zwiedzający zatrzymują się przy balustradzie prezbiterium. Grobowce Vasco da Gamy i Camõesa w kruchcie kościoła to jedyne grobowce, przy których można stanąć bezpośrednio. Dziewiętnastowieczna renowacja tych dwóch grobowców w pasujących do siebie neomanuelińskich baldachimach była celowym gestem budowania narodowej mitologii przez państwo późnej monarchii.