Le Monastère des Hiéronymites fut commencé en 1501 sur ordre du roi Manuel Ier, à l'endroit même où Vasco de Gama et son équipage passèrent leur dernière nuit à terre avant de mettre le cap sur l'Inde en 1497. Il fut payé en poivre. La couronne portugaise prélevait une taxe de 5 % sur les épices arrivant d'Orient, et ces recettes financèrent le projet architectural le plus ambitieux de la Renaissance portugaise.
L'architecture est manuéline — un style gothique tardif typiquement portugais qui mêle voûtes nervurées et arcs brisés à des motifs de cordes, nœuds, coraux et astrolabes sculptés dans la pierre. Diogo Boitac en fut l'initiateur ; João de Castilho acheva le cloître et le portail sud de l'église. Le cloître lui-même est le chef-d'œuvre de l'édifice : un carré à deux étages en calcaire sculpté où chaque colonne est différente.
À l'intérieur de l'église, deux tombes se trouvent dans le porche, de part et d'autre de l'entrée ouest. À gauche repose Vasco de Gama, le navigateur qui ouvrit la route maritime des Indes. À droite repose Luís Vaz de Camões, le poète dont *Les Lusiades* fit de ce voyage l'épopée nationale portugaise. Les tombes y furent placées en 1898, quatre cents ans après le voyage. Le monastère survécut presque intact au tremblement de terre de Lisbonne de 1755 — l'un des rares édifices de Belém à y être parvenu.