Dois dos túmulos mais importantes da história portuguesa encontram-se no pórtico da igreja, de ambos os lados da entrada ocidental. À esquerda jaz Vasco da Gama, o navegador cuja viagem de 1497-99 à Índia abriu a rota marítima europeia para a Ásia e tornou Portugal, por breves anos, a coroa mais rica da Europa. Morreu em Cochim em 1524; os seus restos mortais foram repatriados para Portugal em várias fases e finalmente depositados nos Jerónimos em 1898, para assinalar o 400.º aniversário da viagem. À direita, num túmulo correspondente instalado ao mesmo tempo, jaz Luís Vaz de Camões — o poeta de Os Lusíadas (1572), a epopeia nacional que transformou a viagem de Vasco da Gama numa narrativa homérica. O próprio Camões nunca navegou para a Índia em qualquer capacidade documentada, embora tenha passado anos em Macau e na África Oriental e perdido um olho a combater em Marrocos.
Para além dos túmulos do pórtico, a igreja alberga os túmulos reais da dinastia de Avis-Beja na capela-mor e nos transeptos: Manuel I (o fundador), a sua esposa Maria de Aragão, Sebastião I e o Cardeal-Rei Henrique. O túmulo de Manuel I encontra-se num nicho de granito à direita do altar-mor. A linhagem de Avis-Beja terminou com a morte do Cardeal-Rei Henrique em 1580, após o que Portugal entrou numa união pessoal de 60 anos com a Espanha dos Habsburgo — período durante o qual os Jerónimos continuaram a funcionar como mosteiro ativo.
Fernando Pessoa — o poeta português do século XX mais traduzido internacionalmente — foi trasladado para o claustro inferior do Mosteiro dos Jerónimos em 1985, cinquenta anos após a sua morte, em reconhecimento do seu estatuto como gigante modernista da literatura nacional. O seu túmulo, da autoria do escultor Lagoa Henriques, situa-se na ala norte do claustro inferior e é um dos pontos mais visitados do complexo. Os túmulos reais de D. Manuel I e da dinastia Avis-Beja, na capela-mor da igreja, são visíveis a partir da nave central, mas não podem ser abordados de perto; os visitantes permanecem junto à grade da capela-mor. Os túmulos de Vasco da Gama e de Camões, no pórtico da igreja, são os únicos junto aos quais se pode estar diretamente. A reinstalação destes dois túmulos, no século XIX, sob baldaquinos neomanuelinos correspondentes, foi um gesto deliberado de mitificação nacional por parte do Estado da monarquia tardia.